Предположим скачали Вы программу Toolbox от Jetbrains. Это архив в котором один файл. В первую очередь распаковываем архив и вот у нас уже есть исполняемый файл. Переместили его куда следует, например, в /opt/jetbrains-toolbox.
Готово, теперь чтобы создать иконку в меню нужно разместить исполняемый файл с названием toolbox.desktop в /usr/share/applications/ примерно следующего содержания
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=JetBrains Toolbox # Название файла #1
Icon=/opt/jetbrains-toolbox/icon.png # путь до отображаемой иконки #2
Exec="/opt/jetbrains-toolbox/toolbox" # путь до исполняемого файла
Comment=A control panel for your tools and projects # описание программы #4
Categories=Development;IDE; # Категория, где будет располагаться файл #3
Terminal=false
StartupWMClass=jetbrains-toolbox
